平和と共に近代化が進んだ木ノ葉隠れの里。
里のリーダー、七代目火影・うずまきナルトの息子であるボルトは、アカデミーを卒業し下忍となった。

サラダ、ミツキとともにスリーマンセルのチームとなって、数々の任務をこなしていく毎日が始まる！のだが…？
様々な任務をこなしていくなかでボルトは、忍者の仕事の意味やチームワークを学び成長していく。　
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［6月 5日放送］　迷宮へようこそ
雷車での帰り、ついウトウトしてしまったボルト。
ふと目覚めると見知らぬ場所にいた。
そして謎の人物によって強制的に命がけの実験へと参加させられることに。
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［6月12日放送］　消える命
危険な実験によって被験者が脱落してゆく中、ボルトは全員が生還を果たせる方法を見出そうとする。
次の課題は、命と直結しているというロウソクを手に先へと進むこと。